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Os charcos temporários são um dos habitats com maiores variações sazonais e inter-anuais nesta zona do Alentejo. Durante a época húmida, do Outono à Primavera, são locais mais ou menos alagados, atingindo poucos centímetros de profundidade, secando completamente a partir do início do Verão. Em anos muito chuvosos atingem a sua máxima dimensão enquanto que em anos muito secos podem nem se formar. Estes charcos são colonizados sobretudo por plantas anuais adaptadas à inundação e à sazonalidade, completando o seu ciclo de vida ao longo da época húmida e desaparecendo na época do estio. Outras apresentam simultaneamente adaptações características de habitats aquáticos e secos. Algumas plantas raras com adaptações muito específicas só se desenvolvem nestes charcos, germinam na água mas florescem no sequeiro e morrem em poucos meses. Os charcos temporários são habitats de elevada biodiversidade, albergando durante a fase aquática um grande número de espécies de microrganismos, algas, briófitos, plantas vasculares e insectos aquáticos. São ainda local de reprodução de muitas espécies de anfíbios como rãs, sapos e tritões. Os peixes não estão presentes nestes ambientes aquáticos, já que a distância a outros pontos com água representa uma barreira à colonização e a seca cíclica elimina as suas hipóteses de sobrevivência.
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